殺シ屋鬼司令II

世界一物騒な題名の育児ブログです。読書と研究について書いてきました。このあいだまで万年筆で書く快感にひたっていました。当ブログでは、Amazonアフィリエイトに参加してリンクを貼っています。

MENU

論文渉猟

普通の生物学者にとって「液-液相分離」とはどう考えたらいいのか

前回はタンパク質三次構造のさわりかたについて書いたのだが、時代は「相分離生物学」の時代に入っている。thinkeroid.hateblo.jp相分離生物学の冒険――分子の「あいだ」に生命は宿る作者:白木賢太郎みすず書房Amazon相分離生物学作者:白木 賢太郎東京化学同…

タンパク質構造予測・検索は生物学史に新たな章を開いた、かつてのBLASTのように

「構造生物学なんもわからん」生物学者でもさわれるのが大事 AlphaFoldの吐く構造をわからんなりにぐりぐりしててわかってきたのは、生物学は完全に新しい章に入った。thinkeroid.hateblo.jpいきなり大風呂敷広げるやんけ、と思うかもしれないが、こういう状…

緑藻の性決定モデルの論文が出ました/二百三高地を越えて

論文が7月12日に公開され、7月19日付の米国科学アカデミーの紀要に掲載されました。一般に「ピー・エヌ・エー・エス」と呼ばれている学術誌です。A conserved RWP-RK transcription factor VSR1 controls gametic differentiation in volvocine algae | PNAS…

がんを得た同世代のゲノム進化学者

Google Scholarの「共著者」欄に出てくる同年代の研究者の肩書がProfessorになっているのに気がついた。フルプロフェッサー、正教授だ。論文をものすごいペースで書いてきた研究者であるためそれ自体は全く驚きでも何でも無かった。何の気無しにウェブサイト…

【12/15までKindle 50%ポイント還元(実質半額)セール中】『毛 生命と進化の立役者』は細胞の運動と動物の進化をおしえてくれる

毛~生命と進化の立役者~ (光文社新書)作者:稲葉 一男光文社Amazon 『毛』は、生物の「鞭毛・繊毛」の重要性としくみを解説しています。コンパクトな新書サイズで、生物学の最重要課題のひとつである「うごく」ためのソリューションをめぐってわかってきた…

多細胞生物で生殖・体細胞を役割分担する遺伝子のホモログは単細胞生物で栄養ストレス応答で働いていた

以前コンファレンスで聞いたポスター発表の研究が論文になって出ていました。それでTwitterでリンクを張りました。この研究は界隈でもややマイナーに思われているものですが、実は意義は小さくないし、むしろ界隈の外のほうが読まれるだろうと考えました。こ…

私のいまの文献の管理法について

目次 はじめに 管理のブレイクダウン Evernote: 貪欲な文字認識と検索 追記・Evernoteタグの付け方 Zotero: ファイル添付機能を捨象し、書誌情報に特化させる はじめに Mendeleyがとても人気です。EndNoteが定番です。あれこれの意見はある。そして、収束し…

血を吸うボルボックス

きのうはラボの片づけをしていた。 研修生として4年間お世話になったラボが解散となる最終日だった。ボスは前日からヨーロッパに行った。目的は本人の口から明らかにされることはなかった。そんなわけで、片づけはポスドク、テクニシャン、元派遣技術補助、…

Gmailを用いた文献ファイル管理

主にPDFで流通している論文のファイルをGmailで管理するといくつかの利点があります。 はやりのクラウドコンピューティング。ウェブに接続できればどこからでも論文を見られる 超強力な検索機能。お好みでタグもつけられる。 一つの論文に関連するファイルを…

Chlamy genome!

Hey, congratulations! すげェタイミングだ。 これで米国での話のネタは決定、あと、来週の論文紹介も、カビのホモタリズムでほとんど決まっていたのだけど逆転一発クラミゲノム、ってことで。NにmiRNAが出たときも「藻類がトップ3に出ることってほとんどな…

魔女ラボのREVIEW

"Sex determination in Chlamydomonas" というレビューを読んでいた。 クラミドモナスの「性選択」なんて出てきてしまって、普通に驚くのだけど。

最強最後の文献管理

さまざまなファイルタイプの論文・文献をGmailを用いて管理する方法を思いついたが、この余白は詳しく解説するには小さすぎる。

ジャーナルクラブ用の論文

決定打が見いだせず困っていたのですが、今週に入ってボボッとChlamyのmiRNA論文がスコスコ出てきたので、このへんをやってみましょう。

Windowsの論文管理

iTunesにPDFが使用できることは有名です。 ただ、論文なんかをiTunesで管理しようとすると、題名、著者などがなかなかうまく入れられません。方法はあるのかもしれませんが、別にかまわないと思いました。タイトルのところに、一行要約を書きます。そして、…

バクテリア由来遺伝子aphVIIIがクラミドモナスで使える

A Streptomyces rimosus aphVIII gene coding for a new type phosphotranspherase provides stable antibiotic resistance to Chlamydomonas reinhardtii. Sizova et al. 2001 Gene Streptomyces rimosusというバクテリアの遺伝子であるaphVIII (a.k.a. aph…

バクテリア由来遺伝子aphHがVolvoxを救う

The bacterial paromomycin resistance gene, aphH, as a dominant selectable marker in Volvox carteri. Jakobiak et al. 2004 Protist 前回の論文渉猟に先立つ先行研究である。これにもまた先行研究 (Sizova et al. 2001 Gene, 精読中) がある。これら三…

遺伝子導入マーカーを近縁種で

Swapped green algal promoters: aphVIII-based gene constructs with Chlamydomonas flanking sequences work as dominant selectable markers in Volvox and vice versa. Hallmann and Wodniok, 2006 Plant Cell Rep 25: 582-591. M論に遺伝子導入実験を入…

朝からビンビンキた

5時半に目が覚めてしまい、どうしたものかと思いながらRSSをチェックしていて、今日付けのNatureの先走り(電子版)に、進化分野の論文が出ているのを見た。 「(大脳)新皮質で発現するRNA遺伝子の進化がヒトで早まっていた」 うはwww脳キタwwwRNAキタwww進…

歯科で居眠り

ラジヲ体操で目が覚めた。 水を口に含んで、ネットやっていて、輪読の準備を1時間半ぐらいで終えた。顔を猫撫で洗い、財布と携帯だけ持って歯医者に出かけた。 9時から歯医者の予定だった。着いたのは8時53分で、待合でまっているとわらわらと歯科医たちが入…

RNAiはエンドサイトーシスによって生じる

The endocytic pathway mediates cell entry of dsRNA to induce RNAi silencing. Saleh et al. Nature Cell Biology 8, 793 - 802 (2006) 今回のNCBのArticleである。 最近Profタイラー絡みで一般にも有名になったRNAだが(そして、そんなものを吹き飛ばす…

はてなRSSを利用して論文誌RSSを一括チェック

はてなRSSにjournalというひとつのカテゴリをつくって、そこに各クオリティジャーナルのRSSを登録している。 Cell http://www.cellpress.com/webfiles/feeds/rssfeed.cell.xml Nature Current issue http://www.nature.com/nature/current_issue/rss Early o…