ライフサイエンス統合データベースを知っていますか

きのう、或る場で「統合データベース」って知っていますかという話になった。
そのライフサイエンス統合データベース http://lifesciencedb.jp は、日本(語)におけるNCBIを目指した動きである。さまざまなレベルの生物学的情報を、日本語でも利用しやすくする手引きがいっぱい詰まっている。
非常に価値の高い活動で、自分の研究で日常的に扱うのがゲノム情報なので、所収されている手引きに一再ならずお世話になった。
多くの人が利用しているのだろうと勝手に思っていたのだけれど、実はほとんど知られていなかった。というより、個々のサービスは知っていても、バックボーンとして想定されている「統合データベース」という動きそのものは意識されていなかったのかもしれない。
もし個々のサービスもあまりしられていないとすると大変もったいないことなので、これだけは知っておくと非常に助かる(実際助かっている)サービスを並べてみよう。

蛋白質核酸酵素 全文検索(特に学部生・院生向けに。また、ロートルたちには、なじみのない分野に)

http://lifesciencedb.jp/pne/
惜しまれながら幕を閉じた、生物学の和文総説誌の老舗「蛋白質核酸酵素」の大部分が、全文検索・PDFで読める。
また、1985年から出ているので、興味のある遺伝子や現象の取り上げられる経年変化もわかる。
学生がレポートを書くとき、助けになるだろう。
特に学部生は、最新の論文を背伸びして読むのもいいのだけれど、こういう総説誌で歴史も押さえると、アイデアを引き出す「厚み」がいずれ出てくると思う。
勉強の補助にしてほしい。

ライフサイエンス 新着論文レビュー&領域融合レビュー

新着論文レビュー http://first.lifesciencedb.jp/ (日本人がファーストオーサーとしてトップジャーナルに載せた論文を著者自ら解説する)
領域融合レビュー http://leading.lifesciencedb.jp/ (注目分野の日本語概説)
上で挙げた「蛋白質核酸酵素」はいったん幕を閉じたが、この統合データベースの中で、あたらしいかたちで展開している。それがこの2つのシリーズである。
一見してブログだが、内容は平明かつ高度で、量もどっしりとしている。著者も第一人者である。
また、新着論文レビューのほうは、日本人の著者でも海外で活躍しているひとが非常に多いことがわかる。これは逆に言えば、海外の日本人研究者が、希薄化しがちな日本国内での自分の存在感を、いっそうアピールすることができるということでもある。

統合TV

http://togotv.dbcls.jp
私がたぶんいちばん頻繁に見ているのはこれで、いろいろなバイオインフォマティクス解析の手引きが動画で説明してある。
これを見てBLASTをインストールしたり、BioMartに精通したりした。
実際の研究の場で最も役立つ。
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きょう厄日なんじゃないかってぐらい失敗した。失敗というのも、不成功という意味での、実験の確率的な結果じゃない。もっとダサい。人為的な、mistakeばかりだった。
RIぶちまけて歩き回ったりとか、超遠心のローターがシールドを突き破って出てきたりというわけではないけれど、反省する点がモサモサと出てきた。

  • 作業スペースの整頓は大事だ。たとえふさがっていても、一時的に退避するという取り回しをする。
  • もちものにはなまえをかきましょう。
  • 手洗い。うがい。

自炊しなければ飢えるので作っているのも3週間が過ぎて、肉をほそぼそと取り入れ始めた。週末は、調味料を調達したい。