ちょっと躓いたのでメモを残しておく。
トランスクリプトーム解析でWGCNAを行おうとしてパッケージをインストールした。しかし、必要ないくつかのパッケージが、BiocManagerでは入らなかった。
> BiocManager::install("impute")
や
> install.packages("impute", force=TRUE)
をやみくもに試した*1がまったく通用しなかった。
なんとなく「最終手段」はあるだろう、という確信はあったので、パッケージマネジャーを介さずに、バイナリ、つまり既に動く状態になったパッケージをダウンロードしてきて、突っ込む方法を模索した。
使用した検索語は次である。 google:R パッケージ バイナリ ダウンロード
2件目に次のPDFファイルがヒットしたので、ありがたく参考にさせていただきました。
バイナリファイルは上でリンクしたbioconductorサイトからダウンロードできた（後に判明したpreprocessCoreのバイナリも同様）。
コマンドラインを若干編集しつつコメントを付与してお届けします。
> source("********************") # 動かそうとしたスクリプト
Error: package or namespace load failed for ‘WGCNA’ in loadNamespace(j <- i1L, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vIj):
there is no package called ‘impute’ # うごかない（BiocManager::install("impute")で入れたはずなんです）
> .libPaths() # バイナリが格納されているパスを確認
[1] "********************************************************************" # これを、install.packages引数? のlib=に食わせてやる
> install.packages("impute_1.72.2.tar", lib="********************************************************************", repos=NULL, type="source")
> library("impute")
> source("********************")
Error: package or namespace load failed for ‘WGCNA’ in loadNamespace(j <- i1L, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vIj):
there is no package called ‘preprocessCore’ # preprocessCoreよお前もか
> install.packages("preprocessCore_1.60.1.tar", lib="********************************************************************", repos=NULL, type="source")
# 二匹目のドジョウ
> source("********************")
これで無事走らせることができました。
識者からも後ほどアドバイスを頂きました。感謝いたします：
Macとかの環境ならDockerデスクトップをインストールして、Bioconductor提供のR環境のDockerイメージをダウンロードして、
— やまけん🌤️ (@yamaken37) January 24, 2023
そのイメージで構築したコンテナ内で起動したRであれば、だいたいのRパッケージはインストールできます。
（言葉だけでは伝えきれない難しい作業ですが書くだけ書きました）
更新2023/01/25 6:09 CET
HomebrewのRや、自分でコンパイルしたR使うというのも手。
— 窓月がこの先生きのこるには (@windowmoon) January 25, 2023
確かに公式からインストーラpkgをダウンロードしたRでした。
*1:どう違うのかはっきりわかっていない
