分子生物学用フリーソフトのSerial Clonerは、マジでオススメです。
塩基配列、縮重塩基配列、アミノ酸配列と、それぞれ登録することができます。
制限酵素サイトもワンタッチで表示します。
Mac, Win, Linuxと、広い環境に対応しています。
2つの配列のペアワイズアラインメントも簡単です。"Align"で、各々の"Select Sequence"を設定して、Local Alignするだけです。
扱う遺伝子やプラスミドをひとつひとつ、きちんと"Features"としてアノテーションしましょう。エクソン・イントロンやプライマー部位、機能ドメインを設定して「見える化」しましょう。
予め、”Manage Features"で塩基やアミノ酸の配列を登録しておけば、"Features"で"Scan"して自動的にアノテーションされます。
PCRをかける前に、Serial Clonerでシミュレーションしましょう。ちゃんとプライマー配列がセンスとアンチセンスで対になっていることを確認しましょう。
"Select Target DNA"のところで、Select Matrix DNAを設定することを忘れずに！
コンストラクションもワンタッチで配列を切って貼って、シミュレーションすることができます。
"Graphic Map"で配列へのアノテーションをグラフ化しPNGで出力して、スライドに貼り付けると、それだけで適切なゼミ資料を作ることができます*1
